Izomeria se referă la existența mai multor forme diferite ale aceleiași substanțe chimice, care au același număr și tip de atomi, dar care sunt aranjați într-un mod diferit în spațiu. Alchinele sunt compuși organici ciclici, care conțin un grup de carbon-carbon triple legătură și sunt formate din două atomi de carbon și unul sau mai mulți atomi de hidrogen. Alchinele pot prezenta izomerie cis-trans, în care legăturile duble sunt în poziții opuse una față de cealaltă pe ciclul de carbon, sau izomerie geometrică, în care atomi sau grupuri de atomi sunt aranjați într-un anumit mod în jurul ciclului de carbon.

Proprietățile fizice ale alchinelor pot fi influențate de tipul de izomerie pe care o prezintă. De exemplu, alchinele cis sunt mai lichide decât alchinele trans, deoarece moleculele cis au forme mai neregulate și, prin urmare, se atrag mai ușor între ele. Alchinele cis sunt de obicei mai puțin stabile termic decât alchinele trans, deoarece formarea de molecule cis necesită o cantitate mai mare de energie decât formarea de molecule trans. Alchinele cis sunt, de asemenea, mai puțin rezistente la oxidare decât alchinele trans, deoarece conțin legături duble care sunt mai ușor de rupe.

Alchinele pot prezenta, de asemenea, proprietăți fizice specifice, cum ar fi punctul de fierbere, densitatea, solubilitatea și punctul de topire, care depind de numărul de atomi de carbon și de hidrogen din compuși și de natura grupurilor de atomi atașate ciclului de carbon. De exemplu, alchinele cu un număr mai mare de atomi de carbon au puncte de fierbere mai mari și sunt mai dense decât alchinele cu un număr mai mic de atomi de carbon. Alchinele cu grupuri de atomi polare, cum ar fi halogenii, sunt mai solubile în apă decât alchinele cu grupuri de atomi nepolare, cum ar fi hidrogenul.